لجأت عائلته  إلى مخيم الشاطئ للاجئين غرب مدينة غزة شمالي القطاع في 23 من أيار مايو عام 1963، هرباً من مدينة عسقلان المحتلة التي ولد بها، عقب النكبة عام 1948.

عاش حياة حافلة بخدمة القضية الفلسطينية، وتعرّض لعدة اعتقالات ومحاولات اغتيال مرة في عام 2003 ومرتين في عام 2006، وعشق الشهادة حتى نالها، فكان الشهيد إسماعيل عبد السلام أحمد هنية.

درس المرحلتين الابتدائية والإعدادية في مدارس الأونروا، وحصل على الثانوية العامة من معهد الأزهر، ثم التحق بالجامعة الإسلامية في غزة، وتخرّج منها حاملا شهادة البكالوريوس في الأدب العربي عام 1987.

وتقديرا لجهوده في خدمة القضية الفلسطينية، ، منحتْ إدارة الجامعة الشهيد هنية شهادة الدكتوراه الفخرية، ووسام الشرف من الدرجة الأولى في الخامس والعشرين من تموزعام 2009.

كما تعرّض للاعتقال في سجون الاحتلال 3 مرات. الاولى عام 1987، ومدتها كانتْ 18 يوما، ثم لمدة 6 أشهر عام 1988، أمّا المرة الثالثة فكانتْ في عام 1989 قضى وقتها 3 سنوات في السجون "الاسرائيلية".

وفي السابع عشر من ديسمبر عام 1992، تم إبعاد هنية إلى مرج الزهور في الجنوب اللبناني من قبل كيان الاحتلال حيث قضى عاما كاملا في الإبعاد.

استشهد 3 من أبنائه، وعدد من أحفاده خلال العدوان "الإسرائيلي" المتواصل على قطاع غزة،  إثر غارة "إسرائيلية" على سيارتهم المدنية في مخيم الشاطئ بمدينة غزة، كما استشهد 10 أفراد من عائلته، بينهم شقيقته في قصف "إسرائيلي" استهدف منزل عائلته في المخيم ذاته.

وفي 31 من تموز يوليو عام 2024 اغتيل هنية في العاصمة الإيرانية طهران، حيث جاء للمشاركة في حفل أداء اليمين الدستورية للرئيس الإيراني المنتخب مسعود بزشكيان.