رفع الأرشمندريت أثناسيوس كليلة رئيس جمعية القديس غريغوريوس كتاباً برقم 282 تاريخ 4 تشرين الثاني 1927 إلى المجلس الملي يرجو فيه الموافقة على البدء ببناء مقر للأيتام في بستان الصليب بالتفاوض مع شريكتها جمعية يوحنا الدمشقي، لأن ميتمها الحالي الذي سبق وأقامته في زقاق الآسية في أحد دور الوقف (العائد لدير سيدة صيدنايا) غير صحي ولا يناسب غاية الجمعية، لا سيما وقد ساءت صحة بعض الأطفال اليتامى، ويرجو تأليف لجنة مختلطة من الجمعيتين لوضع مخطط البناء، علماً بأن حصة جمعيته تبلغ 75 قصبة مساحةً. ووافق المجلس الملي على إقامة المشاريع الثلاثة وهي الكنيسة والمدرسة والميتم، لا سيما وأن المحسنين الراغبين ببناء غرف في الميتم بدؤوا يتضجرون من مرور الزمن بغير طائل. وسمح المجلس بتأليف لجنة من رئيسي جمعيتي القديس يوحنا والقديس غريغوريوس تحت رئاسة السيد أمين ملوك لجمع الأموال لصالح المشاريع الثلاثة. على أن يتم تأمين أولاد الميتم في الطابق الأول من الميتم وبناء طابق أول في المدرسة، ومن ثم يتم تحويل كل ما يرد لصالح بناء الكنيسة.
وبدأ البناء في هذه المشاريع: فبوشر أولاً بالمدرسة والميتم، وتابعت الرعية بناء الكنيسة بكل همة، فبُنيت الأساسات من تبرعات المحسنين، ومن أموال كل الرعية التي اكتتبت بمبالغ بسيطة، وكثيرون من أفرادها ساهموا بجهودهم وبعملهم اليدوي. انتهى بناء هذه الكنيسة عام 1932م وتعد من حيث المساحة، الثانية في دمشق بعد الكاتدرائية المريمية. ونقش تاريخ بنائها بالعربية واليونانية على رخامة فوق بابها الرئيس.
بنيت الكنيسة على شكل الصليب حيث لها باب رئيس من جهة الغرب إضافة إلى باب يميني وآخر يساري. وجادت أكف المحسنين بالرغم من فقر معظمهم لإظهار جمال هذه الكنيسة.
بني الأيقونسطاس الرخامي سنة 1936م. وهو يحتوي على ثلاثة أبواب ملوكية لها أربعة أبواب فرعية والعديد من الأيقونات الكبيرة والصغيرة. ضمّت الكنيسة في تاريخها الكثير من الأيقونات من مدارس فنية متنوعة: السورية والبيزنطية والروسية والرومانية مع أيقونسطاسات رخامية فخمة على المحيط الداخلي، إضافة إلى أعمدتها وإلى ملحقات إضافية وأثاث خشبي محفور ومتقن.